В утвержденном Коллегией Счетной палаты оперативном докладе о ходе исполнения федерального бюджета за 6 месяцев 2019 года отмечено, что имеется риск недостижения в 2019 году значения показателя ФП «Сохранение озера Байкал» нацпроекта «Экология».
Так как Минприроды России, не осуществляло софинансирование обязательств бюджетов Республики Бурятия и Иркутской области как требовалось при выполнении госпрограммы «Охрана окружающей среды» по ФЦП «Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2012–2020 годы» на выполнение 3-х мероприятий по снижению общей площади территорий, которые подверглись высокому и экстремально высокому загрязнению и оказывающих воздействие на озеро Байкал, в сумме 1 847,8 млн рублей (заключены соглашения с Правительством Республики Бурятия (435,2 млн рублей) и Иркутской областью (1 412,6 млн рублей). Это произошло из-за несоблюдения Правительством Республики Бурятия плана кассовых выплат, а также необходимостью корректировки проектно-сметной документации по мероприятию, выполняемому Иркутской областью.